重建後的皇崗口岸，通關方式有變。按照官方資料，口岸現採用「合作查驗、一次放行」模式，旅客經自助通道過關，只須排隊一次、出示一次證件，即可同時完成港深兩地的出入境手續；合資格人士更可以「刷臉」過關，毋須再出示證件使用自助通道。
點樣登記
想試用這「極速」過關，必須先登記。合資格香港居民可下載入境事務處的「香港e-道」流動應用程式，以「智方便」核實身分，按指示完成登記。未及在手機操作的，亦可直接到皇崗口岸e-道登記處或自助服務站即場登記；內地訪客則到同處辦理。官方亦指，合資格香港居民與內地訪客，可在合作查驗自助通道即時完成登記，並一併辦妥兩地出入境手續，毋須另排隊伍。
「刷臉」有條件，證件仍要帶
14歲或以上的合資格人士，可在使用自助通道時一併登記「刷臉」服務。惟官方特別提醒，即使已登記「刷臉」，過關時仍須隨身攜帶符合兩地出入境要求的證件；使用合作查驗自助通道前，必先完成內地快捷通道登記。不願使用自助通道的旅客，仍可選擇傳統人工櫃枱出入境。
車輛通道
跨境車輛方面，司機與車輛均須具備粵港兩地口岸通行資格。離境車輛需先經海關前置亭接受風險評估，再駛入聯合一站式車道。車道設全新三度閘門，以「信息採集一體機」一次過完成司機的體温、證件、容貌及指紋資料採集，一張證件、一體採集，即完成「五方查驗、一次放行」。
方便同私隱，要一齊睇
就事論事，過關由「排隊兩次」縮成「一次」，對每日往來港深的市民，時間成本實打實減低，是客觀的改善。港人選擇便利之餘，應要求有充分的私隱告知，這是問責的一部分，不是挑釁。
比卡超精靈訓練員。 — 小智
