重建後皇崗口岸24小時運作，直達港九新界
運輸署公佈，重建後的皇崗口岸將24小時運作，並設公共運輸安排直達港九新界各區。
公共交通：七條專營巴士、六條專線小巴、五條跨境巴士
據運輸署公佈，皇崗口岸設有七條專營巴士路線（包括一條通宵）、六條專線小巴路線（包括三條通宵）及五條24小時運作的短途跨境巴士路線，直達港九新界各區。
其中，專營巴士線途經九個港鐵站及四個巴士轉車站，方便乘客轉乘鐵路或巴士前往各區。
增設公共運輸專用車道，後備車輛備援
運輸署已增設由粉嶺公路及新田公路直達新深路的公共運輸專用車道，讓專營巴士、專線小巴及跨境巴士使用前往新口岸，無需駛經新田交匯處，以提升往返口岸的效率。
同時，口岸大樓附近設公交緩衝區。公共運輸服務營辦商會安排後備車輛停泊於該處，於人流顯著增加時，特別是回港高峰，後備巴士可於兩分鐘內到達接載乘客，加快疏導高峰時段的人流。巴士公司亦可安排特別短途班次，加快巴士流轉。
的士須先取籌，按序前往上客區
為確保口岸整體交通暢順，空載市區及新界地區的的士，以及已有預約行程的車隊的士司機，須先於公交緩衝區取籌，再分別按序前往口岸公共運輸交匯處的士站，或車隊的士專屬上客區接載乘客。
車隊的士方面，口岸大樓內設「預約車隊的士乘客候車區」，候車區設有「預約車隊的士服務站」及「車隊的士到站顯示屏」。已預約車隊的士的乘客應先到服務站，向車隊的士大使展示已預約車隊的士車輛登記號碼作登記；車隊的士大使會動態調度於公交緩衝區輪候的的士前往專屬上客區，確保已預約的乘客盡快順利登車。
應變方案：緊急事故交通協調中心24小時監控
運輸處緊急事故交通協調中心24小時運作，已連接口岸攝影系統；落馬洲大橋亦設有交通監察系統，運輸署可實時監察口岸及前往口岸的人流車流，以便盡快應變。運輸署表示，已聯同深港兩地口岸部門及公共運輸服務營辦商，為不同情況制訂應變方案。
運輸署：開通初期或較繁忙，籲市民按需使用其他口岸
運輸署發言人強調，新皇崗口岸投入服務初期，附近交通可能會較繁忙，「我們呼籲市民按需要使用其他陸路及鐵路口岸往返深圳與香港，而不要急於使用新口岸過關。需要使用皇崗口岸的跨境人士應提早計劃行程，預留時間適應新安排。」
發言人又指出，運輸署會連同公共運輸營辦商密切留意乘客需求，有需要時加強或調整服務。市民和旅客可參閲運輸署「前往皇崗口岸」專頁，或留意運輸署網頁、「香港出行易」應用程式及電台電視台的最新交通消息，瞭解路線詳情、車站位置及服務時間。
