新皇崗口岸於10月12日正式啟用，主打一地兩檢、合作查驗、一次放行，原意省卻以往落車過關、再上車、落車再過關的程序。惟啟用後首個週日（18日），過關閘口出現大批北上人潮，大排長龍。
一名帶同小童北上的讀者稱，上午11時許已抵達新皇崗口岸，使用傳統人工櫃枱出境，發現大排長龍，等待近兩小時仍未能過關。他指，混亂主因是大量旅客未提前辦理登記，無法使用「e-道」自動過關，加上隨行小童眾多，傳統人工櫃枱瞬間爆滿。他觀察，當日（18日）下半天打算北上的市民，應考慮其他口岸，因新皇崗口岸的人潮短時間內難以疏導。
現場情況不止於長龍。不少市民在社交媒體指，現場缺乏明確的分流指引，現場工作人員「一問三不知」，甚至出現旅客「找不到隊尾」及被迫折返重新排隊的亂象。有市民指，由於缺乏人流引導，不少人無意間插隊，引發排隊民眾與插隊者的激烈口角，甚至需要警員到場戒備。有市民又稱，從香港返回深圳足足耗了一個半小時。
一名網民留言：「隊伍沒人管理，歪歪扭扭，問沒人知曉，工作人員自己都不知道。」
有網民綜合列舉新皇崗口岸「8宗罪」，包括：新口岸「合作查驗、一次放行」通道暫不支援「非觸式e-道」舊版二維碼直接掃描，有港人到閘機前才發現無二維碼掃描儀；全程過關程序耗時22分鐘，有市民直言「行到腳都軟」；出入口大堂各有8部升降機，有網民建議改乘升降機，指「可節省最少5分鐘」；口岸剛啟用不足一星期，商業配套未開業，旅客只能依賴自動販賣機；新口岸收回附近大部分停車場，駕駛人士泊車轉乘需求受阻；運輸署指，普通電召的士無法前往口岸，非過境私家車（包括網約車）亦無法前往；九巴B11線（天水圍經新田直達口岸）全程收費10.5元，新田往口岸分段7.6元，被批評接駁車費不跌反升。
對於上述問題，亦有網民認為新設施運作初期未必能完全順暢，相信經磨合後問題可解決，並指皇崗口岸24小時開放，加上有更多口岸可以使用，未來應更方便。
保安局局長鄧炳強於10月17日表示，重陽節一連三日長假期將迎來過關高峰，不少市民將北上掃墓，高峰日單日出入境人次預計將突破10萬，當局已預留充裕人手應對。
一項新公共設施在啟用初期即面對如此嚴重的管理問題，管理責任究在誰，是市民難以迴避的問題。 —— 連線日報主編 志遠
